Память об учёном
Супруга Миклухо-Маклая Маргарет Миклухо-Маклай (Маргарет Робертсон Кларк) и его дети, вернувшиеся после смерти учёного в Австралию, в знак высоких заслуг ученого до 1917 года получали российскую пенсию, которая выплачивалась из личных денег Александра III, а затем Николая II.
В 1947 году имя Миклухо-Маклая присвоено институту этнографии АН СССР.
В 1947 году режиссёром А. Е. Разумным снят художественный фильм «Миклухо-Маклай». Этот фильм в австралийской прессе (в частности сыновьями Миклухо-Маклая —Александром и Владимиром) был назван пародией и чистой пропагандой.
В 1970 году на мысе Гарагаси (Папуа — Новая Гвинея) был установлен мемориал — памятная плита Николаю Миклухо-Маклаю советскими моряками.
В 1985 году режиссёром Ю. М. Соломиным снят трёхсерийный историко-биографический художественныйтелефильм «Берег его жизни».
Институт этнологии и антропологии им. Н. Н. Миклухо-Маклая РАН назван в честь Миклухо-Маклая.
В 1996 году, в год 150-летия со дня рождения Миклухо-Маклая, ЮНЕСКО назвало его Гражданином мира.
В том же году у здания Музея им. У. Маклея (Macleay Museum) на территории Университета Сиднея установлен бюст учёного (скульптор Г. Распопов).
В Москве есть улица Миклухо-Маклая.
В Маданге, Папуа-Новая Гвинея есть улица Миклухо-Маклая.
Память об учёном и путешественнике свято берегут в Малине (Украина). Имя Миклухо -Маклая носит городской парк отдыха, а также одна из улиц города. В Малинском лесотехникуме, который находится в доме, где жил брат Николая
Николаевича Михаил Николаевич, действует музей, экспонаты которого рассказывают о жизни ученого, его семью и малинский период жизни Миклухо-Маклая. В 1986 году — в честь празднования 140-летия дня рождения ученого, в Малине был открыт памятник Н. Н. Миклухо-Маклаю. В Малин дважды (1980 и 1988) приезжал внук ученого Роберт Миклухо-Маклай, который жил в Австралии.
В городе Окуловка (Новгородская область) установлен памятник Миклухо-Маклаю.
В городе Севастополь (АР Крым, Украина) на Приморском Бульваре установлен бюст Н. Н. Миклухо-Маклаю.
В 2008 году именем Николая Миклухо-Маклая назван один из самолетов российской авиакомпании «Аэрофлот» (Airbus A320 VP-BME).
В 2010 году создан музей Н. Н. Миклухо-Маклая в селе Калитянское (Черниговская область, Козелецкий район, Украина).
B 2011 году в городе Джакарта (столица Индонезии) установлен памятник Миклухо-Маклаю на территории посольства при участии Олега Алиева.
В 2014 году был обновлен мемориал Миклухо-Маклая, установленный на мысе Гарагаси (Папуа — Новая Гвинея) на месте, где раньше стояла его хижина, при участии сера Питера Бартера и русско-итальянской семьи Валерия Сурина и Ирмы Бруни.
